北游期间，顾炎武多次入京，拜谒明十三陵。

1671年（清康熙十年），顾炎武再进北京，来到在京城当官的外甥徐乾学家中。顾炎武的胞妹育有四子二女，其中徐乾学、徐秉义、徐元文三人出类拔萃，文采斐然，人称“昆山三徐”，皆在清廷为官。但顾炎武始终遵循嗣母的临终嘱咐：“无为异国臣子，无负世世国恩，无忘先祖遗训。”

当时，翰林院掌院学士熊赐履置酒宴请顾炎武，邀他修《明史》，顾炎武断然拒绝说：“果有此举，不为介之推逃，则为屈原死矣。”

1678年，康熙开博学鸿儒科，招致明朝遗民，顾炎武三度致书叶方蔼，表示“耿耿此心，终始不变”。为了表明态度，顾炎武从此绝迹都门，再未入京。

1679年开明史馆，拟重金请顾炎武出山，顾炎武以“愿以一死谢公，最下则逃之世外”回拒。

1680年顾炎武夫人在昆山去世。得到讣告，顾炎武在亡妻灵位前痛哭遥祭，作诗云：“贞姑马鬣在江村，送汝黄泉六岁孙。地下相逢告父姥，遗民犹有一人存。”