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承启生物全自主基因测序分析云平台向全世界开放

2022-09-22 16:18:55中国商报网 收藏0 评论0 字数1,049 分享

中国商报(记者 马嘉)近日,承启生物携手亚马逊云服务(AWS),在AWS上成功部署了基于FANSe算法的全自主基因测序分析云平台,并免费向全世界开放使用。承启生物将依托AWS构建的云计算加速系统,充分发挥FANSe算法精确高效、便捷快速、可扩展性强等性能优势,为全世界的基因测序企业和科研机构做好服务。FANSe算法在AWS平台的运行也标志着中国自主研发的精准组学技术解决方案走出国门走向世界,为精准医疗的发展贡献力量。

FANSe算法由承启生物全自主研发,历经多次更新迭代,如今已发展到第四代,在基因组突变搜寻、转录组定量等常见应用中,其准确度和稳健性显著超越传统算法,是迄今为止稳健性和准确性最高的比对算法。在运行速度上,其曾创下并至今保持了单机5分钟分析完一个30X人全基因组测序数据集的世界纪录。承启还自主开发了专用于FANSe的压缩算法,能将测序数据压缩至最高1/20进行传输,成倍降低了网络传输耗时,且无需解压即可被FANSe处理。承启生物自主搭建的基于FANSe算法的私有云平台表现出了优异的性能,用户不必购买服务器,也不必掌握艰深的生物信息学知识,点点鼠标即可完成测序分析,得到稳健而精准的结果。但在私有云上由于带宽的限制,随着使用承启云分析的客户增多,就会出现数据“扎堆”传不上,带宽被"挤爆"的现象,这时,即使是FANSe这类快速精准的算法也失去了用武之地。

如今,基于FANSe算法的基因测序分析云平台“搬”到了AWS公有云平台上,首先解决的就是网络带宽问题。公有云分布式的网络总带宽极大,可以承载很多用户海量数据的同时上传,这对FANSe算法来说无疑是"如虎添翼",其极为高效的优势在公有云弹性大的特点下得以充分展现:单任务完成速度快,小规模的应用上传完毕稍等片刻即可得到结果,大型应用如全基因组测序分析也只是需要调用更多的计算核心而已。且FANSe完全不需要任何FPGA、GPU等硬件加速,仅靠CPU运算就可实现如此高的速度,通用性较好,云服务商也无需专门配置专用硬件,在现有硬件上就可以良好运行,易于不断升级来适应层出不穷的新应用。

其次,基于FANSe算法的基因测序分析云平台在AWS上的成功运行,可以让来自全球的基因测序企业和科研机构享有精准高效的分析服务,从而推动全球基因测序、精准医学行业的快速发展。未来,承启生物将继续深耕组学技术领域,以更多的国产创新技术助推行业发展,在世界舞台上发出更多的中国声音,赋能“精准医学更精准”。

责任编辑:李沫楠